Ανοίγουμε τη συσκευασία, ξεπλένουμε τα καλαμαράκια σε τρεχούμενο νερό και τα αφήνουμε να στραγγίσουν καλά. Αφαιρούμε το κεντρικό διάφανο κόκαλο.
Σε μια κατσαρόλα βάζουμε το καρότο, το κρεμμύδι, το σκόρδο και το ελαιόλαδο, προσθέτουμε αλάτι και πιπέρι και αφήνουμε σε μέτρια φωτιά, μέχρι τα λαχανικά να μαλακώσουν. Σβήνουμε με το κρασί και το αφήνουμε να εξατμιστεί.
Προσθέτουμε τα φασόλια, την τριμμένη τομάτα και τον ζεστό ζωμό. Βράζουμε για περίπου 30′ ή μέχρι τα φασόλια να μαλακώσουν τελείως. Προσθέτουμε το θυμάρι και τα καλαμάρια. Ανακατεύουμε και σερβίρουμε.